Pada akhir abad ketujuh belas SM pemerintah selatan Mesir (Atas) melancarkan pemberontakan terhadap Hyksos, pergerakan yang kemudiannya disertai oleh keseluruhan rakyat Mesir. Menjelang sekitar 1560 SM penjajah terakhir yang tidak dibunuh atau dijadikan hmba telah dihalau keluar daripada Mesir. Horo kejayaan ini, Ahmose merupakan pengasas Dinasti kelapan belas, selepas itu menubuhkan rejim yang lebih padu berbanding yang sebelumnya. Dalam pergerakan patriotik menentang penjajah melawan Hyksos, ketaatan kepada bangsawan tempatan menjadi lemah dengan itu melemahkan kuasa bangsawan tempatan.

Tempoh yang berikut selepas kebangkitan Ahmose dikenali sebagai Kerajaan Baru, dan oleh sesetengah pakar sejarah lain sebagai tempoh Empayar. Ia berkuasa dari sekitar 1560 SM - 1087 SM, ketika mana Mesir diperintah oleh tiga dinasti secara berturutan iaitu Dinasti kelapan belas, kesembilan belas, dan kedua puluh. Dengan kebangkitan Kerajaan Baru, tiada lagi semangat aman dan mengasingkan diri; semangat imperial yang agresif melanda Mesir dan kecenderungan kearah ketenteraan yang berpunca daripada kejayaan dalam perperangan kemerdekaan melawan Hyksos telah menimbulkan keinginan bagi kemenangan lebih lanjut. Tambahan lagi mesin ketenteraan yang dibina bagi menghalau penjajah, ternyata terlalu berharga sebagai menyokong kuasa firaun untuk dihapuskan begitu sahaja.

Langkah pertama kearah polisi baru diambil oleh pengganti Ahmose dengan melakukan serangan kilat ke Palestin dan menguasai Syria. Debgan askar yang terkuat pada zaman purba, firaun baru itu dengan pantas mematahkan semua tentangan di Syria dan menjadikan diri mereka tuan kepada jajahan yang terbentang luas dari tebing sungai Euphrates sehingga ke selatan sungai Nil. Tetapi mereka tidak pernah berjaya menjadikan penduduk yang dijajah sebagai rakyat yang taat dan kelemahan ini merupakan punca pemberontakan meluas di Syria. Sungguhpun pengganti mereka menindas pemberontakan tersebut dan berjaya memegang Empayar seketika, malapetaka akhir tidak dapat dielakkan. Lebih banyak jajahan telah ditakluk dari apa yang boleh dikendalikan dengan berkesan. Jumlah kekayaan yang mencurah-curah memasuku Mesir melemahkan asas nasional dengan menggalakkan penyelewengan, dan pemberontakan yang berpanjangan oleh tanah jajahan melemahkan kekuatan negara melebihi apa tahap ia mampu pulih. Menjelang abad ke dua belas kebanyakan tanah jajahan telah kekal bebas.

Corak pemerintahan Kerajaan Baru menyerupai Kerajaan Lama, tetapi lebih mutlak. Kuasa ketenteraan kini menjadi asas pemerintahan firaun. Tentera terlatih sentiasa bersedia bagi mengkagumkan rakyatnya. Kebanyakan bekas kaum bangsawan kini menjadi bangsawan istana atau ahli kepada birokrasi firaun di bawah penguasaan penuh firaun.

Firaun agung terakhir adalah Ramses III yag memerintah dari 1182 - 1151 SM. Dia diganti oleh ramai pemerintah yang mearisi namanya tetapi tanpa keupayaannya. Pada akhir abad ke dua belas, Mesir menjadi mangsa penjajahan pemangsa baru. Pada masa yang sama Mesir kehilangan daya ciptaan. Untuk mendapatkan kehidupan abadi, ilmu sihir menjadi minat utama rakyat seluruh golongan. Proses kejatuhan ini dipercepatkan lagi oleh peningkatan kuasa Paderi, yang mengambil alih keistimewaan firaun dan menentukan pengistiharan firaun.